水包水多彩涂料切勿用力搅拌，不可以加水稀释和不能混入其他的物质，开封后的多彩尽量性用完；在做平面水包水多彩涂料时，与质感漆、真石漆彩砂打底或者弹性中涂打底相比，表面光滑很多，所以在遍多彩喷涂时走枪要快一点以流挂。
水包水多彩涂料要罩光，不罩光的多彩漆膜不致密，老化、耐候、粉化、保色的效果会大扣。罩光时为了掩盖施工中的厚薄不匀，建议采用哑光罩面清漆。另外建筑的欧式构件为了避免滚涂罩面带来发花现象，建议采用喷涂的方式来完成。水性多彩涂料虽然这种涂料具有龟裂的特性，但是它并不是单独使用就能实现装饰效果的，需要对墙面采用一系列合理的施工工艺，如选择裂性的找平砂浆、耐碱型增强材料、碱底漆、耐候性中间漆等。
因为水性多彩涂料对涂装设备有的腐蚀性和附着力，对铁制设备有的锈蚀作用，容易使输送管道的金属溶解，使分散微粒析出，涂膜产生麻点；而且水包水多彩涂料对强机械作用力的分散稳定性差，输送管道内的流速急剧变化时，分散微粒被压缩成固态微粒，使涂膜产生麻点。因为水性多彩涂料中水的成分较高，而水的挥发强烈环境，在低湿度环境下，它可能干燥的很快有时会引起裂缝；在高湿度环境下，成膜过程将缓慢，容易造成涂料的松垂；再加上刚形成的涂料层常常对水很敏感，空气中水蒸汽含量增加就会引起涂料的褶皱。
由于水性多彩涂料由分散相和连续相两部分组成，两相之间因为相对不溶才形成水包水多彩涂料的产品。但由于两者比重的差异或体系黏度控制不当，长时间贮存有时会出现分散相下沉连续相上浮现象，从而产生水性多彩涂料贮存后出现浮水分层现象。