相对于传统的纸质打印SOP，电子化的SOP具有一些明显的优点。
减轻SOP管理的工作负担是电子化SOP非常突出的优势。SOP的管理涉及起草/修订、审查/批准、发布、使用管理、存挡、废弃等诸多环节，依靠传统的打印/复印文件来进行这一过程无疑是一项繁琐的工作，尤其是当大量SOP需要进行定期回顾性修订的情况下，这样的问题尤其明显。电子化SOP可以在诸如更新提示、发布、存档等方面提供自动化的便利，并且提供了由独立的控制点对SOP进行统一管理的可能性，在减轻各个使用部门管理负担的同时，也有利于消除各部门间管理水平台能存在的差异。电子化SOP可以有效地保证SOP管理程序中各步骤、各部门工作的衔接。自动化的特性可以很好地保证这种交流、沟通的效果和效率。由于计算机化系统的特点以及电子化签名的使用，使得SOP管理流程中的任何变动都会留下痕迹，相对于传统的SOP而言，在依赖性方面也有很大提升。此外电子化的SOP要检索、统计的便捷性方面也明显比传统SOP具有优势。
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