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长期大量施用化肥造成土壤病菌虫卵增多,若不及时处理会传播病菌,使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高,以及地表与地下水富营养化,造成环境质量恶化,甚至危及到生物的生存。,中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明,不合理、过多地追施氮肥,蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加,特别是白菜、菠菜和生菜可食部分,硝酸盐高达1000μg/g,高者可达1700μg/g,而厩肥区仅为200~500μg/g,低仅几十个μg/g。对于西红柿和菜花类,采用有机无机肥配合,可使维生素C的含量提高16.6~20.0μg/g。,土壤有益微生物是取决于土壤肥力水平的最重要标志之一,土壤中许多物质和能量转化成过程都必不可少土壤微生物,如有机质的矿化过程、豆科植物的固氮过程,都与土壤微生物的起到有关。,生产实践证明,施用有机肥可以显著提高产量,增产幅度一般为10%~20%,而且越是瘠薄土壤,施用有机肥增产效果越明显。