微波杀菌设备在烘干产品的同时伴随着消菌灭霉的作用，其原理是微波电磁场的热效应与生物效应。微波杀菌效果显著，物料仅需在85℃左右的微波场中3~5分钟，即可达到预定的杀菌效果，远远超越传统的杀菌方式，不仅安全无害，同时没有额外投入。
微波杀菌机整机采用不锈钢板制造，结实坚固，有极强的隔热保温性能；设备采用隧道式结构，配置PLC系统、冷热风系统、红外测温仪等，实行流水线工作，极大程度的增强了生产工序的上下游衔接，增加整体工作效率。
微波杀菌设备的优势特点:
(1)节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30-50%。
(2)均匀彻底：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底
(3)便于控制：微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
(4)设备简单，工艺先进：与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。
(5)是一种由相应电源的微小发生器、波导管理连接器和处理室组成的微波混合系统，经处理的食品保质期可达6个月以上。