微波干燥杀菌机是通过特殊热和非热效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。微波的穿透能力比远红外线大得多，而且频率越小，微波的半功率深度越大。微波干燥杀菌机是用微波照射湿坯体，电磁场方向和大小随时间作周期性变化使坯体内极性水分子随着交变的高频电场变化，使分子产生剧烈的转动，发生摩擦转化为热能，达到坯体整体均匀升温达到干燥杀菌的目的。
微波干燥杀菌机的功能特性：
节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30-50％。
均匀彻底：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底。
便于控制：微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
设备简单，工艺先进：与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。