使用有机肥效果不佳的原因：
1.养分由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，有机肥厂，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样进入了市场。
2.pH值在发酵过程中，有机肥来源，pH变化较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻。
3.氯离子含量有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量高，影响农作物的生长。
有机肥的用途很多，以前直接发酵后做农作物的基肥。，可以变粪为宝，加工成有机肥，从而获取较高的效益。利用牛粪加工有机肥，首先要把牛粪晾晒或沥干，使其水份控制在85%以下，然后加入秸秆末，牛粪和秸秆末的比例为7:3，使原料(牛粪)辅料(秸秆末)的碳比控制在23-28，含水量控制在52%-68%。最后再加入有机肥发酵腐熟剂。
随着养牛业的快速发展，粪便污染已成为一大难题，据有关资料显示，在一些地方，有机肥公司，牛粪对环境的污染已超过了工业污染的总量，有的甚至高达2倍以上。一头奶牛每年产生的粪便在7吨以上，一头牛产生的粪便在5--6吨之间。由于各地对牛粪的处理普遍重视不够，一些养牛比较集中的地方，有机肥，基本上都没有有机肥处理设施。这样导致牛粪到处乱堆乱放，尤其在南方，每到夏季，臭气冲天，既对周边居民的正常生活造成不良影响，同时牛粪又是多种细菌病原体孳生繁殖的源头，对养殖群体有着严重的影响。
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