（一）农业发展存在问题
1.农业灌溉基础设施比较落后、老化
灌溉用水对塔吉克斯坦农业非常重要。约70%的可耕地面积需要灌溉，其中60%的可灌溉面积依赖天然用水（重力灌溉系统），剩余40%依赖人工灌溉（泵灌溉）。塔吉克斯坦目前调配农业用水的灌溉系统运行比较低效，大多数灌溉基础设施处于老化状态。据统计，目前灌溉系统能正常有效运行只能达到55%，将近70%的竖井排水不能使用。超过50%的自然灌溉用水系统和65%的泵站处于老化状况。
2.农业生态环境恶化
塔吉克斯坦高度依赖自然资源，尤其对于农业部门的发展。但一方面由于过度放牧和过度采伐森林，逐渐老化、落后的灌溉系统以及不可持续的土地耕作方式造成水土流失严重，加之不合理的用水引发水污染，进而引起自然环境退化。据塔吉克斯坦农业部门统计，过去十五年间该国97%可耕种土地土质在下降，而且可耕地面积总体上处于下降状况，由2004年90.56万公顷下降到2014年的82.84万公顷。
3.农村信贷体系薄弱
尽管总体上近十五年来，塔吉克斯坦农业部门发展势头良好，特别农业产出方面已恢复到独立前水平，然而塔吉克斯坦农业信贷方面发展仍然十分薄弱。2015年银行面向农业的贷款总额约占当年银行贷款全额的11%。低于同期工业、建筑行业、外贸行业。虽然银行在农业部门提供数额庞大的贷款支持，尤其是棉花生产部门。但主要是放贷给大型国有农场和集体农场，私有农场获得贷款的门槛过高，并且其他农作物获得贷款额度有限。在新的2016年世界银行发布的《营商环境》报告中，塔吉克斯坦在居民或公司法人获得信用贷款方面排名比较靠后。在189个国家当中排名第109位。
（二）工业发展存在问题
1.工業产值在国内生产总值所占比重低，拉动经济作用弱
总体而言塔吉克斯坦独立至今，工业生产尚未恢复到独立前水平。2014年工业生产状况指数为98.5（以1990年=100为基准），2015年工业总产值占国内生产总值仅为24.6%，远低于1985年产值比例（42.26%），其就业人口仅占总就业人口的6.9%（2014）。一方面，工业结构不尽合理。采掘业和能源工业所占比例大，其本身属于资本技术密集型产业，提供的就业岗位极为有限（2014年分别仅占总就业人数的0.5%、0.9%）。而能吸纳就业人数较多的轻工业发展比重过低，仅占工业总产值的12.5%。另一方面，工业生产水平不高，其相应工业产品附加值低，商品竞争力弱。2014年生产的工业制品主要是水泥（115万吨）、建筑用砖（0.925亿匹）、棉纤维（10.52万吨）棉布（0.182亿平方）、植物油（1.3万吨）等简单加工的劳动密集型产品。
2.工业发展环境极为有限
从地理位置而言，塔吉克斯坦是个山地国家，93%的领土被高山环绕，且约50%的面积平均海拔在3 000米以上。地理构造很大程度上阻碍各行政区域相互之间经济联系往来而使各行政区形成相对独立的经济板块，因而成碎片化状态。加之，本国贫困率高，居民消费水平低，狭小。工业生产领域无法形成规模化经营。另一方面，塔吉克斯坦是一个离近出海港3 000公里的内陆国家，距世界市场较远。出境商品往往需过境他国，导致商品运输成本过高。另外，本国经营环境欠佳。基础设施，特别是电力始终得不到有效供给。以致私人投资和外来投资占国内生产总值比例较低（仅占5%左右））且绝大部分外来投资流人能源矿产领域。
