水电双控制智能控制器自动化系统的主要作用是通过它，可以设置阶梯用水量的价格。根据用户的耕地面积，计算出他需要使用的总用水量，给用户发放用户卡的时候，设置好用水量，当用户超出用水量之后，使用的用水量需要再次缴纳额外的水费，当然用户也何以把自己没使用的水量交易给别人，这样，用户就会非常自觉地节约用水了。
用户卡号由区域编号和用户编号组成，一次刷卡打开水泵，同时卡内数据转移到水电双控制智能控制器自动化系统上，而且控制器自动把用户的刷卡开泵信息通过无线方式上报给计算机，二次刷卡关闭水泵，同时取走数据（即控制器上的计量数据转移到用户卡内），而且控制器自动把用户的刷卡关泵信息通过无线方式上报给计算机
用户刷卡开关泵时形成的刷卡记录自动存储在水电双控制智能控制器自动化系统内，便于丢卡用户查询数据，补卡使用。当控制器上的余额递减到0时，自动停泵，用户需再次刷卡取走数据，其它用户才能继续用水。只有用户卡内的区域编号与控制器内的区域编号相同时，才可能打开水泵。为使用户卡只能在本区域使用
只要把每个区域安装的水电双控制智能控制器自动化系统的区域编号设置不同，即可实现一个区域内的用户卡只能在本区域刷卡用水，不能到另一个区域用水。当发生故障（或报警）时，控制器主动把故障（或报警）信息上报给远方计算机。当水井的年取水量超过所设的开采量时，井电双控智能控制器自动控制停泵。
现在很多地区已经开始实时农业水价综合改革方案，此方案的核心技术元器件就是水电双控制智能控制器自动化系统，它既可以统计用户的用电量，也可以统计用户的用水量情况，并且通过无线远传模块，把数据准确的传输到中控室，让管理人员随时都能准确的了解到每一眼井，每一个用户的信息，同时管理人员在中控室也能启、停潜水电泵，管理非常的人性化。