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1、一般货损情形下，根据《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》第六条第二款第(二)项的规定，因海上运输合同纠纷提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定以外，还可以由转运港所在地海事法院管辖。即运输合同始发地(起运港)、目的地(目的港)、转运港、被告住所地海事法院对海上货物运输合同具有管辖权。可以在考量，就近、熟悉、司法文明程度等情况后，择一诉讼。
2、碰撞货损情形下，管辖法院根据诉由选择的不同有所不同。根据《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》第六条第二款第(一)项的规定，因海事侵权行为提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条至第三十一条的规定以外，还可以由船籍港所在地海事法院管辖。即由碰撞发生地、碰撞船舶先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地、船籍港所在地海事法院都具有管辖权。因此，如以侵权起诉，可以在前述选项中，择一法院诉讼。但需要注意的是，如果碰撞船舶已经设立海事赔偿责任限制基金，那么在该基金设立后，诉讼就只能到设立基金的海事法院。
如果是多式联运情形下海运区段发生碰撞导致货损，如果选择合同诉由，管辖法院的情形与前述相同。
3、多式联运情形下，一样从被告住所地、起运地、转运地、目的地海事法院中进行选择，除非只告非海运区段的承运人。
追偿中的实体问题
增值税问题
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十一条的规定，销售退回或者折让货款可以从应纳税额中予以相应的扣减。因此，如果货物发生货损，收货人拒收货物，托运人进行索赔时，承运人往往以前述条款为由，主张货损赔偿中应扣除17%的增值税数额。
在水路货物运输货损纠纷中，增值税是否扣除的问题存在各种不同的情形。
其一，收货人作为索赔主体时，因收货人已支付的价款中已包含了增值税，故不存在是否应扣除税款的问题。
其二，托运人提供了增值税完税发票时，一般应根据税票上记载的税款金额扣减承运人应赔偿的数额，理由之一是，依照前述条款，未完成的销售依法可以扣减税款;理由之二，实践中，作为托运人的卖方，在发生货损的货物销售未完成时，往往可以另行发货，并套用发生货损的增值税发票;或者在今后的销售中，套用已开具的增值税发票。理由之三，即使托运人不是货物的卖方，增值税问题亦可层层追溯至卖方进行调整，虽然具体纠纷中，作为托运人的货代处于商业考虑或者不清楚可以扣除，已赔付了货物卖方包括增值税在内的全部货款，但不能成为其有权向承运人索赔的理由。
其三，托运人未提供增值税发票时，如买卖合同中已明确约定了销售价款为不含税时，则承运人应赔偿的款项，不存在还须扣除增值税款项的问题，只是需审查该销售价款与市场上同类产品的含税价格是否大致相同，以避免托运人为索赔故意不提供增值税发票。如果托运人主张的不含税价与市场含税价基本相同，且托运人不能提供合理的解释，那么从贸易的常识出发，还应认定该价款为含税价，承运人的赔偿数额应扣除税款。从谁主张谁举证的原则看，托运人提出的不含税价与市场含税价是否相同的举证责任，在于承运人。
货损状况的判断货损状况的判断
1、协商一致。如有双方的书面确认，一般以双方的书面协议为准。
2、未协商一致。
如无双方联合检验的书面共同确认，则提出索赔的货主需要举证证明货物在目的港接收时的损坏状况。货物损坏的状况，如果有相应的港口卸货方、公估机构等参与确定，则除非承运人有相反地证据予以推翻，否则对损失的状况可以根据货物运输相关方参与确定的损失情况来确定货损状况。实践中，承运人往往提出其未获得机会参与共同检验，但多数是一种托词，大部分情况下，货主都会通知承运人派人参与，只是承运人有时不愿参与或者参与后不愿签字确认。即使承运人未获得通知，但在法律没有规定承运人必须参与，否则就不能确认货损的情况下，只要根据证据，货损的情况可以确定，仍应根据证据体现的事实，确认货损状况。
3、鉴定情形。
此外，有的货主单方委托鉴定机构对货物的损坏状况进行鉴定。此时需要综合鉴定机构的资质、被鉴定的货物是否争议货物、鉴定结论的依据是否充分等因素来判断鉴定结论能否作为认定货损状况的依据。如果是在诉讼过程中，一方申请货损鉴定，双方共同选择一家鉴定机构或者由法院指定一家鉴定机构进行鉴定，那么除非鉴定的结论明显不符合事实，否则该鉴定结论一般可作为认定货损状况的依据。
4、注意事项。
需要特别注意的是，货物损坏的状况如何，与货损金额之间并非可以直接等同。如货物部分损坏后，导致整批的特殊定制的货物无法使用，没有市场价值;或者某些密封包装的货物，虽然品质没有发生变化，但因为受过海水浸泡或者其他污染，市场价值已大为贬损等。只是该特殊贬值的举证责任在于货主，即货主须提交证据证明货物的市场价格实际发生了贬值。
