蛋白质的分离和鉴定是蛋白质组学研究中的重要内容，蛋白质分离是获得蛋白样本的重要来源，蛋白鉴定即对蛋白质进行定性或定量等鉴定，两者通常是前后相继进行的。
理想的蛋白质分离方法首先要具备超高的分辨率，能够将成千上万种蛋白质包括他们的修饰物同时分离并与后续的鉴定技术有效衔接，还应对不同类型的蛋白质，包括酸性的、碱性的、疏水的、亲水的等，均能有效的分离。常用的蛋白质分离技术包括电泳技术（一维电泳、双向电泳、荧光差异显示凝胶电泳和毛细管电泳等）和色谱分离技术（液相色谱、离子交换色谱、亲和色谱、反相色谱、尺寸排阻色谱等）。分离后的蛋白质样本可以进行后续鉴定，如分子质量、氨基酸序列含量以及翻译后修饰鉴定等，目前zuì常用的蛋白质鉴定技术是高分辨率、高灵敏度和高准确度的质谱技术。总之，蛋白质的分离和鉴定技术各不相同，蛋白质分离技术在实现蛋白质分离的基础上还可以在一定程度上实现蛋白质的鉴定，如分子质量和含量等；而蛋白质鉴定技术只能对蛋白质的性质进行鉴定，通常需要借助蛋白质分离技术获取待鉴定的蛋白质样本。
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