分子质量是蛋白质和多肽的基本理化性质参数，也是蛋白质/多肽定性鉴定中的关键理化参数。对于一个特定的蛋白质/多肽来说，其分子质量也是确定的。因此，分子质量的正确与否直接代表着所鉴定的蛋白质/多肽种类是否正确。
常用的蛋白质/多肽分子质量的测定方法主要包括SDS-PAGE凝胶电泳法、高效液相色谱法（HPLC）以及新发展起来的质谱法（MS）等。电泳法是zuì简单zuì原始的分子质量检测方法，但是其检测的分辨率不高，结果不够jīng确，且检测范围也有限，对于分子质量过小和过大的肽段无能为力。质谱法具有更高的分辨率、准确率和通量，且对样品的需求量少，可对复杂的蛋白质/多肽混合物进行分析，已成为分子质量鉴定的强有力工具。常用的质谱法如基质辅助激光解吸附飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）、电子喷雾质谱（ESI-MS）、快原子轰击质谱（FAB-MS）以及场解吸附质谱（FD-MS）等。其中，MALDI-TOF-MS和ESI-MS的检测范围较大，可对分子质量范围为0.7~600kDa的蛋白质/多肽进行鉴定。
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