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伴随着我国高新技术企业优惠政策的不断完善，税收政策也越来越能对高新技术企业发挥着积极的促进作用，但是我国税收政策仍然存在着税收优惠体系不完善、不全面，缺乏科技型企业风险投资的税收优惠政策，税收激励不合理等缺陷，针对上述问题提出以下几点建议。
一、完善税收优惠体系
政府应该扩大增值税税收优惠范围。目前仅有软件和集成电路的企业在企业增值税税负分别超过3%和7%的可以享受增值税即征即退政策，但是高新技术领域的其他行业如生物医药、专用设备制造、航空航天及电子设备制造业等行业在享受增值税优惠政策方面受到限制，不利于科技企业的创新发展。因此，应扩大增值税税收优惠范围，促进多行业领域的创新。政府应该允许研发费用结转下期扣除，延长费用扣除时间。对于研发企业，一项研究项目的成功往往需要多年的持续研发，且前期研发费用投入巨大，当期往往不足抵扣。建议在网上申报纳税系统中明确列出“研发费用支出”项目，同时对当年不足抵扣的部分，可以结转下期扣除，保证研发费用加计扣除政策不受时间限制，充分享受优惠。政府应该提高加大研发设备折旧力度。研发设备的购置往往耗资巨大，建议对企业为创新项目购置的固定资产可以比照国外经验，第一年按投资额的50%加计扣除，对特殊设备可考虑补提折旧等。
二、出台利于科技型企业的风险投资税收优惠政策
由于科技型企业其自身的产业特点，融资常常成为科技型企业发展的关键。然而风险投资者的投资决策受到政府政策的影响。为了支持科技型企业的成长，政府应该尽快出台有利于科技型企业的风险投资税收优惠政策，从税收角度对高新技术企业加以扶持。例如：企业为投资者，对于那些将自身70%以上资产投资于高新技术项目的企业予以免税，个人作为投资者，对参与风险投资的个人从高新技术企业分得的股息、红利所得免税等。政府也可以对创业型企业的损失给予财政补贴，提高创业型企业生存力，促进高新技术企业的发展。科技型企业前期往往资金不足，建议政府鼓励银行对科技型初创企业的贷款，降低科技型初创企业的贷款成本，并且在税收方面对中小型企业给予额外的税收优惠或减免。
三、改进研发费用归集制度，提高项目认定专业性
随着税收激励的力度不断加大，让更多符合条件的企业享受到优惠政策将是目前我们需要克服的问题。首先，针对我国目前存在的研发投入不足、创新能力薄弱等问题，政府要加大对科技型企业的扶持，鼓励企业进行创新活动。政府应该降低政策门槛，让所有研发企业享受到税收激励政策。其次，针对我国目前主要存在的研发费用难以归集和研发项目认定不完善两个问题，政府应该出台相对应的政策，要求企业对研发活动的支出要单独设账，一一对应。同时，政府也应该提高项目认定人员的专业性，做到简化程序、口径一致。
