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一、高新技术企业认定专项审计要点
1、初步业务活动(1)业务约定书
2、计划审计工作
3、风险评估
4、了解内部控制
5、对研究开发费用实施的进一步审计程序
（一）、控制测试
（二）、实质性程序
6、对高新技术产品（服务）收入实施的进一步审计程序
7、专项审计报告
二、高新企业应对审计及主管部门检查应掌握的技巧
1、建立高新收入及研发费用台账；
2、销售合同及发票的整理；
3、建立和完善公司各项管理制度；
4、研发费用入账依据
三、高企税收减免和加计扣除
1、认定合格的高新技术企业，自认定（复审）批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。企业在取得高新技术企业认定资格后，向主管税务机关提交高新技术企业认定证书复印件，填写《企业所得税税收优惠备案表》，进行事前备案。? 纳税年度终了后至报送年度纳税申报表以前，已办理减免税事前备案的企业应向主管税务机关备案以下资料：
（1）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明；
（2）企业年度研究开发费用结构明细表；
（3）企业当年高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例说明；
（4）企业具有大学专科以上学历的技术人员占企业当年职工总数的比例说明、研发人员占企业当年职工总数的比例说明；
（5）税务机关要求提供的其他资料。
2、风险防范? 国科发火〔2008〕172号第十五条 已认定的高新技术企业有下述情况之一的，应取消其资格：
（一）在申请认定过程中提供虚假信息的；
（二）有偷、骗税等行为的；
（三）发生重大安全、质量事故的；
（四）有环境等违法、违规行为，受到有关部门处罚的。被取消高新技术企业资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请。
3、研发费用加计扣除
（一）企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用支出，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。（企业所得税法第三十条）
（二）未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。 （实施条例第九十五条）
4、税收规定《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》——国税发〔2008〕116号（1）允许加计扣除的费用支出
（一）新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费
（二）从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用
（三）在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴
（四）专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费和租赁费
（五）专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用
（六）专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费
（七）勘探开发技术的现场试验费