一、是滴灌的管道和滴头容易堵塞，对水质要求较高，所以必须安装过滤器；
二、是滴灌投资较高，要考虑作物的经济效益；
三、是滴灌不能调节田间小气候，不适宜结冻期灌溉，在蔬菜灌溉中不能利用滴灌系统追施粪肥。
施肥管理
随着灌溉方式的改变，引起了施肥措施上也相应变化，随水施肥技术是水肥同步，使棉田水保持营养溶液，养分被土壤吸附固定少，在土壤中分布均匀，棉花在吸收水分的同时吸收养分。在用量上，实行少次多量。施用氮肥时，先将氮肥总量的50%做基肥施用，其余的可随滴施用，全生育期施用氮肥2-3次，每次用量为3-5kg。棉花专用肥2-3次，每次用量为3-5kg。施用氮肥时，要考虑到生育期的温度，及时掌握棉花需肥规律，充分协调好水肥的比例，防止有漏肥现象，充分发挥氮肥的利用率。在磷肥用量上，实行一次性投入到基肥中。叶面肥喷施3-4次。在棉花滴水时，应根据棉花的不同生育阶段所需要的养分进行配比，适时、适量地供给棉花，保证棉花生长节约了大量的肥料和水分，充分提高肥料的利用率。
1．省水省工，增产增收。因为灌溉时，水不在空中运动，不打湿叶面，也没有有效湿润面积以外的土壤表面蒸发，故直接损耗于蒸发的水量少；容易控制水量，滴灌设备，不致产面径流和土壤深层渗漏。故可以比喷灌节省水35—75%。对水源少和缺水的山区实现水利化开辟了新途径。 由于株间未供应充足的水分，杂草不易生长，滴灌多少钱，因而作物与杂草争夺养分的干扰大为减轻，减少了除草用工。由于作物根区能够保持着供水状态和供肥状态，故能增产。
2．滴灌系统对管理人员的素质和农田集约化种植的要求较高，造价相对传统渠系灌溉要高，而且由于杂质、矿物质的沉淀的影响会使毛管滴头堵塞，滴灌的均匀度也不易保证。这些都是大面积推广滴灌技术的障碍。为促进农业的现代化和可持续发展，目前我国正大力推广高效节水灌溉技术，发展前景广阔。优点节水、节肥、省工。滴灌属全管道输水和局部微量灌溉，使水分的渗漏和损失降低到限度。同时，又由于能做到适时地供应作物根区所需水分，不存在外围水的损失问题，又使水的利用效率大大提高。灌溉可方便地结合施肥，即把化肥溶解后灌注入灌溉系统，滴灌技术，由于化肥同灌溉水结合在一起，肥料养分直接均匀地施到作物根系层，真正实现了水肥同步，大大提高了肥料的有效利用率，同时又因是小范围局部控制，微量灌溉，水肥渗漏较少，故可节省化肥施用量，减轻污染。运用灌溉施肥技术，为作物及时补充价格昂贵的微量元素提供了方便，并可避免浪费。滴灌系统仅通过阀门人工或自动控制，又结合了施肥，故又可明显节省劳力投入，降低了生产成本。
手动控制
系统的所有操作均由人工完成， 如水泵、阀门的开启、关闭，灌溉时间的长短，何时灌溉等等。这类系统的优点是成本较低，控制部分技术含量不高，便于使用和维护，很适合在我国广大农村推广。不足之处是使用的方便性较差，滴灌，不适宜控制大面积的灌溉。
全自动控制
系统不需要人直接参与，通过预先编制好的控制程序和根据反映作物需水的某些参数可以长时间地自动启闭水泵和自动按一定的轮灌顺序进行灌溉。人的作用只是调整控制程序和检修控制设备。这种系统中，除器、管道、管件及水泵、电机外，还包括中央控制器、自动阀、传感器（土壤水分传感器、温度传感器、压力传感器、水位传感器和雨量传感器等）及电线等。
半自动控制
系统中在灌溉区域没有安装传感器，时间、量和灌溉周期等均是根据预先编制的程序，而不是根据作物和土壤水分及气象资料的反馈信息来控制的。这类系统的自动化程度不等，有的一部分实行自动控制，有的是几部分进行自动控制。
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