一是人脸生物信息的泄露问题。由于人脸信息，其固有特性、采集方式、集中存储的特点导致信息泄露风险较大。生物特征数据存储集中度越来越高。一旦热点应用的生物特征库被攻破，极易导致大规模隐私泄露，甚至会引发系统性风险。二是由于脸部识别信息具有唯一性和不可更改性。相比于密码泄露或疑似泄露后，可以随时更改。但是传说的“换脸”或者“变脸”不存在。三是任何一个数据进入到计算机里面以后，都会变成计算机代码，生物特征数据也不例外。如果由于个人生物信息泄露，犯罪分子掌握了被害人的脸部识别信息，一旦这些数据被还原，并被黑客等犯罪分子拿到后，是否可以直接获取被害人的账户和密码，从而轻易地盗取资金。
从现在情况看，刷脸支付最大的问题在于人们对于个人隐私信息的担忧，成为刷脸支付发展进程中的“灰犀牛”。用户生物特征普遍暴露在商场、饭店等各种公共场所，不法分子可通过远程、非接触方式，在用户本人毫无察觉的情况下“无声无息”地非法批量采集生物特征信息。刷脸支付的普遍应用，可能导致个人生物的非法采集和买卖成为新的“黑产业链”。这将引发人们对于个人隐私被非法收集和储存的担忧。这种担忧将比之前的个人隐私更甚。微软目前已经悄然删除其最大的公开人脸识别数据库——MS Celeb。MS Celeb数据库2016年建立，拥有超过1000万张图像，将近10万人的面部信息。微软描述其为世界上最大的公开面部识别数据集，并用于培训全球科技公司和军事研究人员的面部识别系统。
人脸识别技术还引发过其他争议。例如，它使得跟踪个人行踪和探查个人行为变得轻而易举，从而对个人隐私造成大规模的侵害。如今一些执法机构经常依靠这项技术来帮助调查案件。如何在保证城市生活安全和个人隐私之间做到平衡，成为许多城市管理者需要解决的问题。今年5月份，美国旧金山就出台了一项法令，禁止警察和其他政府机构使用人脸识别技术。
可以预见，关于人脸识别技术应用产生的个人隐私问题引发的争议将会延绵不绝，可能对刷脸支付的发展前景蒙上一层阴影。